Durante la batalla que dio lugar a la derrota de Shinnok, Quan Chi logró salvar su vida, pero quedó atrapado en el Netherealm. Éste mantuvo en secreto que posee el amuleto sagrado de los elementos, así que espera prudentemente un tiempo hasta poder escapar de aquel lugar sin levantar sospechas y seguir con su plan. Al cruzar el portal, Quan Chi encuentra un antiguo ejército enterrado en una pirámide, listo para ser revivido y ser comandado para atacar los reinos que desee conquistar. Shang Tsung, aún bajo las órdenes de el debilitado Shao Kahn que lucha por no perder lo poco que le queda de su imperio, se instala en una región del Outworld en la que, con permiso de su emperador, construye un palacio para residir y conspirar contra los guerreros de la Tierra. Es entonces cuando Quan Chi le propone a Shang Tsung una oferta que haría realidad lo que ambos no pudieron realizar cuando estaban bajo el mando de Shinnok y Shao Kahn respectivamente. Lo primero que hacen es eliminar a la mayor amenaza existente para sus planes: Liu Kang y Shao Kahn. Raiden, por no poder hacer nada desde el panteón de los Dioses Mayores, renuncia a su posición y reúne a los guerreros de la Tierra para frustrar los planes de esta alianza mortal en un nuevo Mortal Kombat.